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在学术上，石筱山重视“十三科一理贯之”，强调伤科临床以中医基础理论为指导，擅于外伤内治，强调气血兼顾，以气为主，以血为先；认为骨创伤病变多兼痰湿，故诊治不仅筋骨并重，还应治兼邪重痰湿；并创立正骨手法“十二字诀”。因临床疗效卓著而享誉国内外，被尊为上海伤科八大家之一。
秉承“十三科一理贯之”
“十三科一理贯之”是由石晓山在明代薛己《正体类要·序》“人之所病，病疾多；医之所病，病道少，吾以为患在不能贯而通之耳”的基础上正式提出；具体指各种疾病都离不开中医基础理论，伤科亦不例外。
损伤涉及内外各科，伤科疾患离不开内治法，而有些患者本不属于损伤范围，但经石氏伤科诊治，亦能“屡起沉疴”而恢复健康。且伤科与针灸、推拿关系密切，伤科医生不仅要懂得伤科用药，对其他各科也要联系贯通，立方用药，一定要全面周到。石筱山将此理论进一步深化，主张治病务求灵活，不拘泥墨守，尤其是伤科，不能单凭几张家传秘方来通治一切跌打损伤，应根据不同病情，察其体质，审其阴阳，如此立方用药效果更为显著。
治外伤却重气血兼症
石氏伤科的学术理论颇具特色，概括有以下4个方面。
以气为主，以血为先
论疾病发生之理，中医基于阴阳而归结于气血，“血气不和，百病乃变化而生”。石筱山认为，伤科疾病不论在脏腑、经络（脉），或在皮肉、筋骨，都离不开气血。气血之于形体，无处不到。由此可见气血的重要性。气属阳而血属阴，气血是人体的物质基础，因损伤而致的疾病，都关乎气血阴阳之变。
石氏伤科理伤基本原则是气血兼顾而不偏废。因形变肿痛之恢复，百节活动之屈伸，皆依赖气之充也；血的化液濡筋，成髓养骨，也依靠气的作用。故理伤当兼顾气血而“以气为主”；积瘀阻道，妨碍气行，又当祛瘀，瘀除气才得以行，故又“以血为先”。
筋骨并重，内合肝肾
伤科疾病很大一部分是伤筋动骨。《*帝内经》有十二经筋的名称，配合十二经脉，多起于四肢、爪甲之间，终于头面，内行胸腹空廓，主要功能是连属关节。人体的俯、仰、屈、伸等一切动作都需筋来支持运动，而筋“束骨而利关节”功能的充分发挥则依赖于肝血的充分濡养。
骨是立身之主干，需要依靠肾脏精气的滋养，其主要功用是支持人体，保护内脏免受外力损伤。筋束骨，骨张筋，筋与骨的关系极为密切。石氏把强筋之理融于伤科，更有发挥。在治疗上筋骨并重。特别是骨折、脱位，要求治骨同时治筋。早期进行被动和主动的功能锻炼，也要筋骨并重。
调治兼邪，独重痰湿
石氏对伤科的“兼邪”尤多心得。石筱山指出：“凡非本病，其发生不论前后，而有一个时期与本病同时存在的证候病机，都叫兼邪。”如腰痛伤肾、风寒湿外侵、强力举重的闪腰等，其中强力举重的闪腰是本病，而与本病在某一时期同时存在的劳力伤肾、风寒湿外侵都是兼邪。
这类病例，“似伤非伤，似损非损，病者，果疑于似伤而来，医者，岂能混以为伤而治”。须审证辨因施治才能得效。
损伤的人，生活在自然界和具体社会环境里，外受风寒暑湿，内有七情六欲，而且体质有虚羸壮实之异。一旦受伤，“肢体损于外，则气血伤于内，营卫有所不贯，脏腑由之不和”；除了损伤局部见有肿胀、瘀斑、畸形等诸证候外，尚有身热、口渴、纳呆、便秘等症。
石筱山把凡因损伤而出现的一切症状都叫“见症”或“兼症”。损伤时有恼怒惊恐，或损伤后兼受风寒，则又有一番相关证候，更多见的是由于损伤后气血失和，易致风寒湿邪外袭，或因气血不和，内生痰湿留络。这些都必须辨析施治，否则独以损伤为治，难以见效。
石筱山认为，在骨伤科临床上，常见痰与风、寒、湿、瘀诸邪相合为患。其症更多是积劳或过劳所致。反复损伤，则导致气血呆滞；损伤日久，痰湿因之留恋，痰瘀交凝，筋损失用，而成缠绵难已之痼疾。损伤气血自属气脉闭塞，脘窍凝滞之类，易于痰聚为患。
痰涎之为物，随气升降，无处不到，入于经络则麻痹疼痛，入于筋骨则头项胸背腰痛，手足牵引隐痛。积久聚多，随脾胃之气而流溢于胃肠之外、躯壳之中，经络为之窒塞，皮肉为之麻木，甚至结成窠囊，牢不可破。
他在《石氏理伤经验简介》中指出：“这种损伤并不重笃。症状表现多种多样，或关节肿胀，或筋块，或麻痹疼痛，或有身热等等，所谓‘痰生百病也’。患处残留疼痛、肿胀、关节拘挛与屈伸不利，或肌肤不仁、肌肉萎弱、筋结成块等，此皆气虚而为邪所凑。先父治疗这类兼邪，常以牛蒡子与白僵蚕同用，至我兄弟辈则发展为牛蒡子汤，加减化裁，广泛应用于临床。”
勘审虚实，施以补泄
“百病之生，皆有虚实。”一般损伤之初，无论内伤外伤，多属气滞血瘀的实证。损伤而致气血不足者，唯在新伤出血之血虚，甚至气随血脱之候。这在开放性外伤及脏器损伤中每可见到。体质素弱而损伤者，属邪实正虚、虚中夹实之证。治疗当先调补虚怯之体，然后祛瘀，或攻补兼施，关键是审定患者是否耐攻。
石氏临诊精于辨证，勘审虚实。凡初损之后，日渐由实转虚或虚中夹实，此时纵有实候可言，亦多为宿瘀；而气多呈虚象，即使损伤之初，气滞之时，亦已有耗气之趋向。故必着眼于一个“虚”字。理伤攻逐之法，用补益之法为本。
补法的应用是多样的，或先攻后补，或先补后攻，或攻中寓补，或攻前预补，灵活多变，但万变不离其宗，总以温补脾肾为主。脾胃功能正常，可使皮肉筋骨脑髓均能得到温养灌注。取益脾健运以促资化、滋补肾元以壮骨生髓的治则，可使耗损之气复原。
在伤损后期或慢性损伤时，石筱山多用自拟验方“调中保元汤”，方中取*参、*芪、白术、熟地、山药、鹿角胶、川断、枸杞子、龟板、山萸肉、陈皮、茯苓、补骨脂、甘草等，是一张综合补中益气、六味八味、左归右归诸方化裁而成的方剂，充分体现了温补脾肾的学术思想。
石氏手法十二字诀
石氏手法以“十二字”为用。手法要点为“稳而有劲，柔而灵活”。其“十二字”要诀是：拔、伸、捺、正、拽、搦、端、提、按、揉、摇、抖（亦作转）。其中拔、伸、捺、正四法主要用于正骨，拽、搦、端、提四法用于上骱。拽是向前拉，搦是握住，端是端托，提是上提，双手并用，左右分工。如右手端提，相机而行，左手为辅，辅之以拽搦。按、揉、摇、抖四法多用于理筋。
外治手法是石氏伤科治伤的一个重要环节，“夫手法者，谓以两手安置所伤之筋骨，使仍复于旧也”。“必素知其体相（了解掌握解剖结构），识其部位，一旦临证，机触于外，巧生于内，手随心转，法从手出。”
石氏伤科对于伤骨的诊治有系统的理法，如骨折时痛的重点不在肌肉，而在骨骼，不在周围组织，而在局部受伤部位。处理时，先纠正骨位，然后夹裹、敷药外治。近关节骨折的处理，夹裹时间不宜过长；破皮断骨处理，先须清创，止血须防作脓，然后用手法按平夹裹。内治分早、中、后三期。
这十二字诀在骨折、脱臼及伤筋处理中运用如下。
骨折处理：事前必须仔细比摸和视折审断。严重的骨折，多呈重叠或交错，要细致地拔、伸，耐心地按、捺、平、正，然后敷药，绑扎固定。所谓“制器以正之，用辅手法之所不逮”。固定的重点应在“断端左近”，用三条带缚，以中心一条带为主，缚时要适当压紧，两头可以较松。“压紧”的目的，是使骨位不致移动；“较松”的道理，在使血气得以流通；尤其在近关节处，更宜注意其屈伸活动。
脱臼处理：上骱时宜两手并用，左右分工。右手为主，左手为辅，摸清骱位，右手或端或提，相机而行。左手亦须随着相辅，或拽或搦手法，都要稳而有劲，柔而灵活。
伤筋处理：多注意各个关节处，因为伤筋大多由扭捩而起，易伤筋膜。如肘或膝部损伤后，局部高肿，筋络离位突出，屈伸不利。施以手法后，往往局部高肿消失，伸屈自如（倘肿而不显者，多数复原较迟）。骨折接续后期易于僵硬，应适当而且不断地（因人、因事及时地）运用按、揉、摇、抖等理筋手法。接骨前后亦须注意理顺筋络，纠正关节微细的错位，使其活动顺和，以符“动静结合”的治疗原则。
而且，石氏手法有两点值得注意：一是这十二手法在应用上并没有严格的界限，无论正骨、入骱、理筋，都可以随着需要互相换用；二是将绑扎固定的方法认作是手法的范畴，绑扎固定的质量与治疗后果直接相关。绑扎固定后的外观应是与肢体匀贴，且能维持到下次复诊，外观臃肿或松散的包扎则难以达到固定目的。虽然绑扎固定与手法有所不同，但石筱山把绑扎固定提高到手法的同等高度加以认识，极具现实意义。（楼绍来）
